O Associação Botafogo Futebol Clube, também conhecido como Botafogo-DF, era chamado há alguns anos de Clube Esportivo Guará. Time da cidade satélite de Guará, no Distrito Federal, o Esportivo Guará, foi fundado em 14 de julho de 2004 e após cinco anos de existência, firmou parceria com o clube do Rio de Janeiro, Botafogo de Futebol e Regatas. A partir disso, a equipe passou a utilizar o seu nome, escudo e as cores preto e branca, que substituíram o branco, o azul e o vermelho. Em 2006, o clube conquistou o título de campeão da segunda divisão do Campeonato Regional. No ano seguinte, alcançou o vice-campeonato brasiliense. Porém, em 2008, foi rebaixado para a segunda divisão desta competição.
Em 2009, após parceria com o Botafogo de Futebol e Regatas, a equipe do Distrito Federal passou a desenvolver e revelar atletas que seriam transferidos para a matriz, caso fosse de interesse do clube ou, então, jogadores do Rio de Janeiro viriam para o alvinegro candango caso estivessem sem espaço no time carioca. Para diferenciar o escudo das duas equipes foi inserida a sigla DF e os contornos das formas passaram a ser amarelos. Um fato marcante na história do clube foi a contratação, em 2009, do jogador Túlio Maravilha, após sua passagem pelo alvinegro carioca. Neste mesmo ano, o Botafogo-DF conquistou o acesso à primeira divisão do Campeonato Brasiliense de Futebol, na qual permanece até os dias atuais.
